Во всех аквариумах должна проводиться очистка воды от грязи, остатков корма, грязи накопившейся на листьях растений и тд. В выростных аквариумах и в аквариумах заселенных большим количеством рыб фильтрация даже необходима. 

Фильтрация выполняет следующие задачи:
Очистка воды от неорганических частиц. 
Удаление из воды растворенных органических соединений. 
Удаление из воды определенных растворенных веществ, например, медикаментов, после лечения рыб. 
Создание циркуляции воды в аквариуме. 
Аэрация воды. 

Виды фильтров: 

механический фильтр. 
Механическая фильтрация используется для удаления отходов и мусора из воды. Кроме того, она может производить аэрацию и циркуляцию воды в аквариуме. В качестве фильтрующего средства используется фильтрующая нить, губка, пена, крошки. Если используют фильтр, расположенный под галечником, то он сам служит ситом. 

химический фильтр.
Химическая фильтрация используется для удаления токсичных химических веществ, например, аммиака. 

Биологический фильтр.
Используется для удаления растворимых отходов с помощью полезных бактерий. Вода, прежде чем попасть в биофильтр, должна быть очищена механическим фильтром, чтобы не засорять субстрат биофильтра, и обогащена кислородом, необходимым для дыхания бактерий. Применение биофильтра наиболее целесообразно в аквариуме с сильно загрязняющими воду рыбами, а также в перенаселённом рыбами аквариуме. В хорошо засаженном растениями аквариуме с нормальным количеством рыб применение биофильтра вряд ли целесообразно. Кроме того растения сами являются биофильтрами.